（一）納稅申報
1．外國企業在中國境內設立兩個或者兩個以上營業機構的，可以由其選定其中的一個營業機構合并申報繳納所得稅。該營業機構應該具備以下基本條件：一是對其他各營業機構的經營業務負有監督管理責任；二是設有完整的賬簿、憑證，需要能夠正確的反映各個營業機構的收入、成本、費用和盈虧情況。
2．外國企業合并申報繳納所得稅的，應當由其選定營業機構提出申請，通過當地的稅務機關審核通過后，依照下列規定報批：一是合并申報納稅所涉及的各營業機構設在同一省、自治區，直轄市的，由省、自治區、直轄市稅務機關批準。二是合并申報納稅所涉及的各營業機構設在兩個或兩個以上省、自治區、直轄市的，由國家稅務總局批準。外國企業經批準合并申報納稅后，遇有營業機構增設。合并、遷移、停業、關閉等情況時，應當在事前由負責合并申報納稅的營業機構向當地稅務機關報告。
3．外商投資企業進行清算時，應當在辦理工商注銷登記之前，向當地稅務機關辦理所得稅申報。
4．外國企業合并申報繳納所得稅，所涉及的營業機構適用不同稅率納稅的，應當分別計算各營業機構的應納稅所得額，按照不同的稅率繳納所得稅。各營業機構有盈有虧，盈虧相抵后仍有利潤的，應當按有盈利的營業機構所適用的稅率納稅。發生虧損的營業機構，應當以該營業機構以后年度的盈利彌補其虧損，彌補虧損后仍有利潤的，再接該營業機構所適用的稅率納稅；其彌補額應當按為該虧損營業機構抵虧的營業機構所適用的稅率納稅。當負責合并申報繳納所得稅的營業機構不能合理地分別計算各營業機構的應納稅所得額時，當地稅務機關可以對其應納稅的所得總額，按照營業收人比例、成本和費用比例、資產比例、職工人數或者工資數額的比例，在各營業機構之間合理分配。
5．外商投資企業和外國企業在中國境內設立的從事生產、經營的機構、場所，應當在每次預繳所得稅的期限內向當地稅務機關報送預繳所得稅申報表，而不論企業在年度內盈利或者虧損；年度終了后4個月內，報送年度所得稅申報表和會計決算表。在報送會計決算報表時，除國家另有規定外，應當附送中國注冊會計師的查賬報告。企業遇有特殊原因，不能按照稅法規定期限報送所得稅申報表和會計決算報表的，應當在報送期限內提出申請，經當地稅務機關批準，可以適當延長。分支機構或者營業機構在向總機構或者向合并申報繳納所得稅的營業機構報送會計決算報表時，應當同時報送當地稅務機關。
（二）征收方法
外商投資企業和外國企業繳納企業所得稅和地方所得稅，實行按年計算，分季預繳，季度終了后15日內預繳；應按季度的實際利潤額預繳；按季度實際利潤額預繳有困難的，可以按上一年度應納稅所得額的1/4或者經當地稅務機關認可的其他方法分季預繳所得稅。年度終了后5個月內匯算清繳，多退少補。企業在年度中間合并，分立、終止時，應當在停業生產、經營之日起60日內，向當地稅務機關辦理當期所得稅匯算清繳，多退少補。
（三）會計賬務管理
外商投資企業和外國企業在中國境內設立的從事生產、經營的機構。場所的財務、會計制度，應當報送當地稅務機關備查，各項會計記錄必須完整準確，有合法憑證作為記賬依據。外商投資企業和外國企業在中國境內設立的從事生產、經營的機構、場所的財務、會計處理同國務院有關稅收規定有抵觸的，應當依照國務院有關稅收規定計算納稅。除國家另有規定外，企業應當在中國境內設置能夠正確計算應納稅所得額的會計憑證、賬簿和報表，應當使用中國文字填寫，也可以使用中、外兩種文字填寫。采用電子計算機記賬的企業，其由電子計算機儲存和輸出的會計記錄，視同會計賬簿；凡末打印成書面記錄的磁帶、磁盤應當完整保留。企業的會計憑證、賬簿和報表，至少保存15年。
按稅法規定繳納的所得稅以人民幣為計算單位。所得為外國貨幣的，應當按照國家外匯管理機關公布的外匯牌價折合成人民幣繳納稅款，企業繳納稅款，發生多繳納稅款需要辦退稅時，可以將應退的人民幣稅款，按照原繳納稅款時的外匯牌價折合成外國貨幣，再將該外國貨幣數額按照填開退稅憑證當日的外匯牌價折合成人民幣退還稅款；發生少繳稅款需要辦理補稅時，應當按照填開補稅憑證當日的外匯牌價折合成人民幣補繳稅款。