盡管現在增值稅“擴圍”改革會在短期內減少全國財政稅收總額，但從長期看，營業稅改增值稅后由于企業的稅負降低了，企業的競爭力和投資欲望都會提高，由此會增加企業的經營利潤，導致企業所得稅和相關稅種收入的增加。
一、對稅收收入總量的影響
營業稅改增值稅對財稅收入的影響，可以從近期和遠期兩個方面來分析。從近期來看，由于營業稅是“道道征稅”，增值稅可以抵扣，消除了重復征稅后，全國的稅收總量必然會受到一定的影響，再加上隨征的城建稅以及教育費附加的收入減少，因此，中央政府和地方政府財政都會遇到一定的壓力，但是，稅制改革后被抵扣的稅收有一部分會轉化為企業的利潤，然后通過企業所得稅的形式最終將增加地方的財政收入。從長遠來看，營業稅改征增值稅，將促進服務業的進一步發展，物流業、金融業等行業是改革的直接受益行業。盡管現在增值稅“擴圍”改革會在短期內減少全國財政稅收總額，但從長期看，營業稅改增值稅后由于企業的稅負降低了，企業的競爭力和投資欲望都會提高，由此會增加企業的經營利潤，導致企業所得稅和相關稅種收入的增加。另外，彌補政府支出的缺口還可以通過預算外收入和制度外收入的形式來進行。因此，從長遠來看，營業稅改增值稅對政府財政收入的影響是可以承受的。
二、營業稅改增值稅后的制度安排的影響
按照上海市的試點方案，原歸屬地方的營業稅收入，改征增值稅后收入仍歸屬地方，稅款分別入庫，那么，對中央政府和地方政府的財政收入都不會產生太大的影響。這一方案優先考慮了增值稅制度變革目標，但這并不是長遠之計，當試點推向全國、或是要進行增值稅立法時，這一政策就可能要進行調整，否則將面臨增值稅一個稅種因為稅目不一致而導致預算級次不一致的問題，有的央、地分成，有的全部歸屬地方。地方政府可能利用這一漏洞，通過調整增值稅稅目將原屬于中央的財政收入轉化為地方財政收入。如果營業稅改增值稅后維持現有的75:25的稅收分成比例不變，地方稅收收入將極大減少，中央收入增加。在目前的分稅制體制下，營業稅是地方第一大稅種，營業稅收入大部分歸屬于地方政府，營業稅改征增值稅后，中央分享75%，地方分享25%，即便稅收收入總量不變，地方政府收入也會減少75%。
三、營業稅改增值稅對對各地影響不同
不同地區的產業結構差異也會影響增值稅擴圍后的地方稅收缺口大小。以山西省和北京市為例，山西省煤炭資源豐富，能源、電力等第二產業發達，其增值稅收入超過了營業稅收入，而上海市金融業、物流業等現代服務業繁榮，營業稅收入大大超過了增值稅收入，因此，營業稅改增值稅后，山西省受到的影響較小，而上海的受到的影響將較大。