“金稅三期”就是在“以票控稅”的指導思想下，建設的覆蓋各級國地稅、所有稅種、所有工作環節的全國性稅收信息系統。“金稅三期”是在“以票控稅”的指導思想下，覆蓋國家和地方各級稅種、所有稅種、所有工作環節的全國稅收信息系統。
1994年，國家稅務總局實施金稅一期，包括增值稅交叉稽核和增值稅防偽稅控兩個子系統，在全國50個試點上線。通過人工采集納稅人發票信息，計算機比對發現問題。但由于人工采集數據錯誤率較高，金稅一期被叫停。
2001年，金稅二期借鑒第一期，實現了發票數據的自動歸集，并以此增加稅種，將海關增值稅完稅憑證納入管理，將上述功能推廣至全國。
金稅一期二期(地方稅未全覆蓋)之后，2013年“金三彩”終于來了！在廣東、惠城區、惠城、惠東縣、斗門、東莞市6個省(市)級國家地方稅務局試點后，于2016年全部推廣工作完成后，最終實施。
2018年5月1日，金稅三期系統再次升級，整合了以下信息:營改增后國地稅務數據整合、五證合一、規范外部數據接口、銀行賬戶分類及支付結算管理、個人財產數據整合、境外收入信息交換等。
2018年8月，經升級的金稅三期系統已升級為“自然人稅收管理系統扣繳客戶端”，功能更加強大，稅務不處理好，一旦被查，處罰力度和補繳力度會特別大，違法失信分子將納入全國信用平臺，到時真會寸步難行。金稅三期查什么？隨著金稅三期的監管力度進一步完善，國地稅合并后，企業想要偷逃稅更是難上加難，那么金稅三期到底查什么？查個稅與社保“五證合一”實施后，稅務、工商、社保隨時合并，企業人員、收入等相關信息互聯互通。沒有虛報工資的余地，個人所得稅和社保也絕不應該算少繳。
查庫存賬實是否一致開票軟件添加了商品代碼。如果加上公司代碼，你無法想象大數據的速度和準確性。它會比你自己更了解你的庫存情況。一旦發生業務，庫存情況將在其“眼中”。
查虛開發票第三，利用強大的大數據，在納稅人稅號下，進項發票與輸出發票的行業關聯、同一法人關聯、同一地址關聯、數量關聯、比例關聯均在其控制之下，虛開發票檢查指標100%喲~
查企業所得稅大數據對企業的經營情況了如指掌，不僅僅是你身上發生了多少固定資產發票:買了幾間辦公室，搬了幾個地方，換了幾輛車；多少費用發票:汽油多少錢，辦公多少錢，旅游多少錢，客人多少錢。......
通過與行業對比，可以知道你的企業應該產生多少利潤，企業所得稅變得透明。你敢逃跑嗎？
查增值稅商品類別由產品編碼控制，商品數量由公司編碼控制。單價和金額本身就是數字。大數據計算你的商品增值額，存貨金額(增值稅發票留抵)，增值稅還敢逃嗎？
金稅三期帶來的變化推動了國家電子政務建設促進政府部門之間的信息共享和協作，為提高國家宏觀經濟管理能力和決策水平提供全方位支持，從而在社會經濟建設和社會發展中發揮積極重要作用。
有利于加強內部管理金稅三期上線后，應用網上發票系統，可以杜絕虛開、虛開、虛開“大頭小尾”發票的違法行為，幫助企業規避不法分子利用假發票騙稅帶來的財務風險，保護企業合法經濟利益。
金三增加了納稅評估系統，對誠信納稅有更高要求系統會定期或不定期分析納稅人的納稅情況。一方面及時提醒因客觀原因少繳稅款或欠稅款，另一方面對故意少繳稅款或不繳稅款的事實進行處罰，納入納稅人信用體系。
有效的統一國、地稅核心征管應用系統版本實現業務操作和執法標準的統一規范，推進稅務部門管理職能改革；實現全國數據集中化，使用及時、全面、準確的數據信息，提高決策科學化水平和稅收征管水平，有效降低稅收成本。
稅收環境更加公平，更加公開透明稅收分析更加高效便捷，將進一步推動稅務機關規范稅收執法管理行為，最大限度減少“個稅”“關系稅”，減少稅收執法的隨意性，從而為納稅人創造更加公平的稅收環境。
金稅三期系統工程有效的優化了納稅服務通過信息網絡為納稅人提供優質、便捷、全方位的納稅服務；逐步實現納稅人足不出戶就能輕松納稅，從而大大減輕納稅人的稅負。
金稅三期下企業如何防范稅務風險建立完善的內控管理制度在提高稅收監管水平的過程中，一套完善的內部控制監督管理體系可以幫助企業規避稅收風險，提高整體效率。
首先，根據商業管理企業的業務經營情況，制定適當的內部控制制度，使員工在進行稅務審計和監督時有法可依、有章可循。其次，優化內部控制監督管理流程，提高商業企業稅收監管水平和效率。
最后，企業需要設立內部控制監督管理部門。內控部門的工作在管理層的統一領導下，形成的稅務監管報告直接提交給管理層，其監管工作需要獨立于稅務部門的工作，避免部門之間相互勾結，降低監管效率。
加強稅務人員的相關培訓，提高綜合處理水平由于金稅三期要求經營管理企業在申報納稅過程中通過信息集成平臺，對稅務人員的計算機處理技術提出了更高的要求。但傳統稅務人員一般通過紙質進行稅務操作，因此有必要加強稅務人員的綜合處理水平；
聘請專業稅務顧問隨著國家經濟體制的不斷改革和經濟結構的不斷完善，一系列稅收政策相繼出臺，使得企業辦理稅務事務更加困難。
因此，為了提高企業稅務人員的工作效率，減少稅務操作失誤的發生，需要聘請專業的稅務顧問，講解企業經營管理企業業務操作中的稅收政策，指導企業的稅務工作，設計合理的稅務風險應對方案，幫助企業經營管理企業規避風險，幫助企業經營管理企業在合理合法的條件下實現利潤最大化，促進企業經營管理企業的發展。