ISO是質量管理體系、環境管理體系、職業健康與安全管理體系等體系認證的話應該區別不太大，由于現在規模以上的企業基本上都有體系認證，總體上認證證書的效用是一樣的。不同發證機構在不同行業都有自己的優勢領域，擁有大批的行業專家，在認證審核和各類服務中能夠起到一定幫助作用，同行的認可度也相對較高。如新時代主要是軍品認證、中檢集中在機械領域、船級社在船舶行業等，對于自己核心領域的行業，認證公司還是有不同的優勢的，如果你想了解，可以讓他們提供業績材料，看看他們的客戶主要集中在什么行業，根據自己需要進行選擇。
其次發證機構被哪些地區國家的認監委認可，例如正規的中國國內的ISO 9001發證機構，都是必須被CNCA中國認監委認可授權，否則不能在中國開展業務，有的機構同時有好幾個國家的認監委認可，可以通過這些機構，一次審核，同時獲得其他地區認監委認可的ISO 9001證書，有的機構沒有CNCA授權，但是有國外認監委授權，在中國偷偷開展業務，甚至審廠流程都可以免去，發證機構地址不同，因為ISO 體系認證大多需要審廠，選擇離企業近的機構，前期的培訓輔導，后續的審廠，都可以方便很多，但是也要考慮價格問題，機構的穩定持續性也有區別，有的機構有很多年的歷史，業務較多，不大可能某天突然注銷了，有的機構可能在某天發現業務利潤很低，就申請注銷了機構，對簽發證書有影響。
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