深圳ISO14001認證目的是為了讓企業在環境管理方面得到進一步發展，在市場競爭中獲得優勢，深圳ISO14001認證企業在建立環境管理體系時存在如下幾個方面的問題：
1、深圳ISO14001認證不科學的環境決策機制
不科學的環境決策機制，導致我國企業在建立環境管理體系時出現問題，通常我們概括現行的環境機制為職能部門制定環境管理方案，可是這種決策機制有很嚴重的不足。環境部門制定方案時，可能忽略了經濟增長、環境政策和社會穩定等多方面的問題，沒有達到三者協調一致的情況，所以管理者很可能就反對環境部門的提議，從而阻礙了政策的貫徹落實。
2、深圳ISO14001認證不健全的環境法制和政策
我國企業建立環境管理體系時會遇到很多問題，主要原因就是國家關于環境方面的法律還不健全，本文主要列舉以下幾個方面：部分領域尚沒有出現立法，污染和資源保護方面沒有結合，部分條款過于籠統，環境管理手段中沒能應用經濟手段，不能有效規范環境執法者。如果我國企業想要在國際市場站穩腳跟，立足于開拓國際市場，占有一定的市場份額的話，就不能只追逐眼前利益，需要我國企業對環境管理給予更大的關注，避免企業經營過程中由于環境不合格而被國外企業比下去，失去優勢。
3、深圳ISO14001認證滯后的環境管理體制
環境管理體制要求我們對各部門進行嚴格管理，而不是自己管理自己，這樣的管理體制肯定不能實現管理的目的。如今，我國的環境管理體制正處于轉變階段，曾將的管理體制是部門分工制，而現在是分工負責和統一化管理相結合的管理體制。企業中常出現重復設置的問題，主要問題的表現形式是由于新設立的機構在授權的時候，可能會與原機構的職能發生沖突，從而出現重復設置的現象。
4、深圳ISO14001認證企業對環境管理的意識淺薄
深圳ISO14001認證企業并沒有樹立健全的企業文化，缺乏對ISO14001環境管理體系標準的認知，沒有認識到環境管理體系在企業中的重要作用，企業通常只做到經營和管理，沒有做到對環境的保護和合理利用，尤其一些化工廠、制造廠，他們在處理生產廢料的時候，不按照一定的廢品標準處理。
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