不當的股權轉讓會導致股權轉讓糾紛，邊肖為大家整理了股權轉讓中經常發生的三大糾紛，即無視股權性質導致協議無效的糾紛；受讓人資格限制導致合同無效的糾紛和未經股東大會批準的無效協議引起的糾紛。下面介紹如何避免股權轉讓糾紛。
一、忽視股權性質導致協議無效
國有資產(包括國有股)轉讓應嚴格按照《中華人民共和國企業國有資產法》規定的程序進行。該法第五十三條規定，國有資產的轉讓由履行出資人職責的機構決定；第四十七條國有獨資企業、國有獨資公司、國有資本控股公司合并、分立、重組、轉讓主要財產、以非貨幣財產對外投資、清算或者有法律、行政法規和企業章程規定需要進行資產評估的其他情形的，應當按照規定對相關資產進行評估。本案中，雖然爭議股權已經評估并報SASAC備案，但根據《企業國有資產法》第五十四條第二款規定，國有資產轉讓應當在依法設立的產權交易場所公開進行，但按照國家規定可以直接協議轉讓的除外。規定企業國有產權轉讓應當進入市場進行交易，目的是通過嚴格規范的程序，保證交易的公開、公平、公正，最大限度地防止國有資產流失，避免損害國家利益。本案中，通過場外拍賣程序轉讓股權不符合上述規定，故認定無效。
二、受讓人主體資格限制導致合同未生效
《最高人民法院關于適用《中華人民共和國合同法》若干問題的解釋(一)》第九條規定，法律、行政法規規定合同生效前應當辦理批準手續，或者辦理核準登記手續。第一審法庭辯論終結前，當事人未辦理批準或者登記手續的，人民法院應當認定合同未生效；法律、行政法規規定合同應當辦理登記手續，但登記后未生效的，當事人未辦理登記手續不影響合同效力，合同標的物的所有權和其他物權不能轉移。這種情況下的股權轉讓協議需要經過審批才能生效。而當事人約定以王先生哥哥的名義持股，實際上是為了掩蓋外方投資者收購境內企業。根據《合同法》第五十二條第(三)項以合法形式掩蓋非法目的的，合同無效，故該條約定無效，當事人在訴訟中未能辦理批準手續。故王先生要求工商變更登記的請求不能支持。
三、未經股東會批準導致協議未生效
《中華人民共和國公司法》第七十二條第二款規定：股東向股東以外的人轉讓股權，應當經其他股東過半數同意。股東應當將股權轉讓的情況書面通知其他股東，并征得其同意。其他股東自收到書面通知之日起30日內未答復的，視為同意轉讓。同時，該條第三款還規定，經股東同意轉讓的股權，在同等條件下，其他股東有優先購買權。兩個以上股東主張行使優先購買權的，協商確定各自的購買比例；協商不成的，按照轉讓時各自的出資比例行使優先購買權。有限責任公司具有人性特征，股東之間有一定的信任和合作基礎
就法律而言，股權轉讓協議原則上可以受合同法調整，類似于一般的商事合同。但也要注意，股權轉讓涉及集團的穩定，要符合集團法(公司法)的特別規定，尤其是程序性規定。簽訂股權轉讓協議時，應按照《公司法》的規定履行股權轉讓的程序性要求。協議的具體權利和義務可以根據合同法的具體規定設定。