高新技術審計報告是企業認定高新技術的關鍵材料之一，所有數據能夠真實反映企業的經營狀況和R&D投資情況。所以，高科技審計工作不能馬虎。審計機關應嚴格按照《高新技術企業認定指南》的要求開展審計工作。但現實情況是，一些事務所能夠嚴格遵循審計準則，獲得充分、適當的審計證據，并獲得高新技術產品(服務)收入的評估材料。在科研費用的認定和歸集上，可以從產品建立和預算管理、人員管理、設備材料管理、委托外部研發管理、項目收尾管理等流程分析中，確定研發費用的關鍵控制點，并對研發費用實施進一步的審核程序。但部分事務所受規模小、審計市場相對狹窄、執業環境、非審計業務發展不足、人才儲備不足等因素影響，執業質量水平不高。注冊會計師的專業能力和知識結構與當前風險導向審計的理念存在明顯差距。風險導向審計沒有得到有效實施，重點審計領域的審計程序沒有落實到位，獲得的審計證據不足且不適當。
具體問題如下：
一是未按照風險導向理念實施專項審計。《企業高新認定專項審計指引》要求注冊會計師應當假定企業高新認定技術研究開發費用支出與高新技術產品(服務)收入存在舞弊風險，要求注冊會計師針對研究開發項目和高新技術產品(服務)了解申報企業及其環境。
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